Pada saat ini sistem informasi yang terkomputerisasi merupakan suatu hal yang penting, termasuk dalam kegiatan penggajian. Sistem penggajian yang terkomputerisasi diperlukan untuk mengurangi kesalahan seperti terjadinya dua kali input data dan kesalahan perhitungan. Berdasarkan hal tersebut, maka dibangunlah aplikasi yang dapat melakukan pengelolaan penggajian dan perhitungan pajak penghasilan pasal 21. Dalam pengembangan aplikasi digunakan metode prototipe dan menggunakan Unified Modeling Language (UML) dalam perancangan sistem. Aplikasi dibuat berbasis web dengan menggunakan bahasa pemrograman PHP, framework CodeIgniter dan basis data MySQL. Perancangan basis data menggunakan entity relationship diagram (ERD). Berdasarkan pengujian yang telah dilakukan, aplikasi ini dapat mengelola data pegawai dan data presensi, mengelola proses penggajian, menghasilkan slip gaji, jurnal, buku besar serta menghasilkan laporan penggajian. Dengan adanya aplikasi ini, maka perusahaan dapat menggunakan aplikasi ini dalam pengelolaan penggajian dan perhitungan pajak penghasilan pasal 21.